Het Yoghurtproject was het eerste project van SYPO, waardoor het niet met dezelfde werkgroepstructuur is opgezet als de nieuwere projecten. Daardoor bestaat de werkgroep van het Yoghurtproject uit Duko Hopman (ook directeur van SYPO) en Emma Kandelaars (ook financieel manager van SYPO). Door de lange ervaring met het project is het bestuur van SYPO (zie 'Organisatie') op meer dagelijkse basis betrokken bij de inhoudelijke beslissingen rondom het project dan bij de andere projecten het geval is

Voor het Yoghurtproject is het bedrijf Life Dairy opgezet dat eigendom is van de stichting Pat the Child, onze lokale partnerorganisatie. De winst van Life Dairy is daarmee eigendom van de stichting, die de winst in overleg met SYPO aan nieuwe projecten besteedt. De manager van de fabriek is Fred Kaggwa, die projectleider bij Pat the Child is. Fred Kaggwa stuurt maandelijks de boekhouding en voortgangsrapportage naar de werkgroep Yoghurtproject van SYPO, zodat die de goede besteding van donateursgelden kan controleren. De directe financiële controle van het project wordt uitgevoerd door Charles Musisi, een Oegandese man die in dienst is van SYPO. De vrouwen die een koe hebben gekregen, hebben zich verenigd in een coöperatie, waarmee SYPO contact houdt om bijvoorbeeld trainingen te verzorgen voor de nieuwe leden. De cooperatie heeft een tweejaarlijks gekozen voorzitter, penningmeester en secretaris.